各界对主体功能区的划分层次一直存有疑虑。马凯在该发言中明确说，全国主体功能区由国家主体功能区和省级主体功能区组成，分国家和省级两个层次编制规划，国家主体功能区不覆盖全部国土。

　　省级主体功能区规划，一方面要保证与国家主体功能区数量、位置和范围的一致性；另一方面则要对剩余的国土空间，根据国家确定的原则，结合本地区实际，确定为省级主体功能区。对于之前有声音称主体功能区可能以县为单位的讨论，马凯称由于市县两级行政区空间尺度较小，空间开发和管理的问题更具体，因此“不必再划定主体功能区”。

　　主体功能区规划将带来一系列政策调整。在人口政策方面，马凯将其定性为“按照主体功能定位引导人口有序流动并定居”。其中，优化开发区域要对有稳定就业和住所的流动人口逐步实现本地化，这意味着现行户籍制度将进行大面积调整，而重点开发区域则要更多地吸纳外来人口。

　　国家将引导限制开发区域、禁止开发区域的人口向优化开发区域、重点开发区域逐步自愿平稳有序转移。自然保护区内的人口则要部分迁出、部分就地转为管护人员。政府同时将推进户籍管理制度以及与其挂钩的教育、医疗、社会保障、住房等领域的改革。